Tamponlar , Ters fazlı HPLC ayrımlarında önemli bir rol oynar. pH'daki değişiklikler, numune moleküllerinin iyonlaşma derecesini etkiler. Polar olmayan moleküllerde pH değişimi minimumdur, ancak doğası gereği asidik veya bazik olan polar moleküller de pH değişimi önem kazanır.