Kromatografinin ilk çalışmaları 1860'larda bir karbon yatağından geçirilen parafinin 'ağartılması' deneyine dayanır. Ancak kromatografinin resmi ve akredite ilk keşfi, çeşitli adsorbanlar üzerinde yaprak pigmentlerinin seçici adsorpsiyonu üzerine ayrıntılı çalışması ile 1902'de Mikhail Tswett'e aittir. Kromatografi tekniği Rus botanikci Mikhail Tswett tarafından klorofil ve ksantofil gibi bitki pigmentlerini, cam bir kolona dondurulmuş kalsiyum karbonattan (CaCO3) dolgu maddesinden oluşmuş bir sütundan geçirerek ayırmasıyla kullanılmıştır. Bu bileşenler renkli bantlar halinde gözlemlenmesi nedeniyle Yunancada chroma=renk; grephein=yazmak anlamına gelen kelimeler birleştirilerek ‘Kromatografi’ terimi oluşturulmuştur.
