PCR ve RT-PCR ile ilgili yaygın sorunların çoğu, reaksiyon ürünlerinin agaroz jel elektroforezi sırasında tanımlanır. Bunlar, beklenen amplifikasyon ürününün yokluğunu, spesifik olmayan ürünlerin varlığını, aşırı bulaşmayı ve bir "primer dimer" bandının varlığını içerir.
